Jmol – 3D Molecul Structure

Jmol….jmol

well, apa yang ada dipikiran anda ketika melihat kata “jmol” ?

Sebagian dari kalian mungkin akan mengambil kata “mol” nya dan yang ada dipikiran kalian adalah about chemist things right?

well that would be a correct answer, just like the title is about 3D molecul structure, struktur molekul yang berpenampilan 3D.

ya’ll have to click more to know more….

Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum.

 

Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
Untuk menggunakannya silahkan download dan ekstrak file downlad-annya. Klik file Jmol.jar (di PC mestinya tersedia Javaruntime terlebih dahulu). Buka file yang support untuk dibuka dengan Jmol.
tkp http://sourceforge.net/projects/jmol/files/Jmol/Version%2012.0/Version%2012.0.46/Jmol-12.0.46-binary.zip/download

 

Jmol ini aplikasi gratis, open source penampilan molekul untuk siswa, pendidik, dan peneliti dalam bidang kimia dan biokimia. Ini adalah cross-platform, yang berjalan pada sistem Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix.

JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web.

Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.

JmolViewer adalah alat pengembangan kit yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.

Cara yang disarankan untuk mengutip Jmol adalah:

Jmol: open-source Java penampil untuk struktur kimia dalam 3D. http://www.jmol.org/

Ingatlah untuk selalu menggunakan huruf besar ‘J’, huruf kecil ‘mol’ (explanation).

Jika Anda suka, daftar artikel yang menjelaskan Jmol dapat ditemukan di bagian Jmol Literature dari Wiki Jmol.

 

Samples

Lihat Screenshot Gallery (gambar diam) untuk melihat contoh apa yang dapat dilakukan dengan Jmol

dan Demonstration pages untuk melihat tombol dan menu dalam tindakan (applet interaktif).

Features

Gratis, open source software berlisensi di bawah Lisensi GNU Lesser General Public License.

Applet, Aplikasi, dan Sistem Integrasi Komponen.

JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Ini sangat ideal untukpengembangan berbasis web Courseware dan web diakses dengan database kimia. JmolApplet menyediakan jalur upgrade untuk pengguna Chime plug-in.

Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.

JmolViewer ini dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya. 

 Multi-bahasa 

Diterjemahkan ke dalam beberapa bahasa: Catalan (ca), Chinese (both zh_CN and zh_TW) Czech (cs), Dutch (nl), Finnish (fi) French (fr), German (de), Hungarian (hu), Indonesian (id), Italian (it), Korean (ko), Malay (ms), Portuguese – Brazil (pt_BR), Spanish (es), Turkish (tr), Ukrainian (uk) (in addition to the native American English, en-US, and British English, en-GB).

Otomatis mengadopsi bahasa dari sistem operasi pengguna, jika di antara terjemahan yang tersedia. Anda dapat mengubah ke bahasa lain jika diinginkan.

Untuk up-to-date rincian atau petunjuk untuk menambahkan bahasa Anda, lihat the Wiki 

Cross-platform

Windows

Mac OS X 

Linux / Unix

Mendukung semua web browser utama: Internet Explorer, Mozilla dan Firefox, Safari, Google Chrome, Opera, Konqueror,IceWeasel, …

Kinerja tinggi render 3D yang tidak memerlukan persyaratan hardware

Format file (lihat juga bagian file formats dalam Jmol Wiki):

MOL MDL / Elsevier / Symyx structure (classic version V2000)
V3000 MDL / Elsevier / Symyx structure (new version V3000)
SDF MDL / Elsevier / Symyx structure (multiple models)
CTFile MDL / Elsevier / Symyx chemical table (generic)
CIF Crystallographic Information File – standard from the International Union of Crystallography
mmCIF Macromolecular Crystallographic Information File – standard from the International Union of Crystallography
CML Chemical Markup Language
PDB Protein Data Bank – Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
XYZ XYZ format, XMol file – Minnesota Supercomputer Institute
XYZ+vib XYZ format with added vibrational vector information
XYZ-FAH XYZ format for Folding@home
MOL2 Sybyl, Tripos
Alchemy Tripos
CSF Fujitsu CAChe chemical structure, now Fujitsu Sygress
GAMESS General Atomic and Molecular Electronic Structure System output (both US and UK variants) – Gordon Research Group, Iowa State University
Gaussian Gaussian 94/98/03 output – Gaussian, Inc.
Cube Gaussian, Inc.
Ghemical The Ghemical computational chemistry package
MM1GP Ghemical molecular mechanics file
HIN HIN / HIV files from HyperChem – Hypercube, Inc.
Jaguar Schrodinger, LLC
MOLPRO Molpro output
MOPAC MOPAC 93/97/2002 output (public domain)
MGF MOPAC 2007 (v.7.101) graphf output (public domain)
NWCHEM NWChem output – Pacific Northwest National Laboratory
odydata Odyssey data – WaveFunction, Inc.
xodydata Odyssey XML data – WaveFunction, Inc.
QOUT Q-Chem, Inc.
SHELX Structural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany)
SMOL Spartan data – Wavefunction, Inc.
spinput Spartan data – Wavefunction, Inc.
GRO Gromos87 format from GROMACS
PQR Modified pdb format including charge and radius
Amber The Amber package of molecular simulation programs
JME Java Molecular Editor – Peter Ertl
CASTEP The CASTEP software package, uses density functional theory
FHI-aims Full-potential / all-electron electronic structure theory with local orbitals – Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft
VASP VASP / VAMP / Vienna ab-initio simulation package
DGrid Miroslav Kohout, Max-Planck Institute
ADF ADF output – Amsterdam Density Functional
XSD Accelrys Materials Studio
AGL ArgusLab
DFT Wien2k
AMPAC AMPAC output – Semichem, Inc.
WebMO WebMO interface to computational chemistry packages
Molden Electron density / molecular orbitals
PSI3 Output files from the PSI3 suite of quantum chemical programs
CRYSTAL Output files from CRYSTAL, a computational tool for solid state chemistry and physics. Theoretical Chemistry Group, Univ. Torino, Italy.

* Files which are compressed with gzip will automatically be decompressed

getaran

animasi

permukaan

orbital

Dukungan untuk sel satuan dan operasi simetri

Skema bentuk untuk struktur sekunder pada biomolekul

pengukuran

jarak

sudut

torsi sudut

Dukungan untuk RasMol / berpadu bahasa scripting

JavaScript dukungan perpustakaan (Jmol.js)

Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya,VRML, X3D, idtf, halaman web.

Stay Tuned

JMol, Penampil Struktur Molekul ala Wikipedia

21

Bagi siswa SMA atau mahasiswa, mendapat tugas untuk mencari struktur molekul pasti sudah tidak asing lagi di telinga, dengan kata lain sudah sering mendapat tugas yang seperti ini. Kalau sudah dapat tugas seperti ini, biasanya referensi yang sering dipakai adalah wikipedia, ada yang belum kenal wikipedia? Dalam wikipedia, setiap penjelasan dari suatu senyawa tertentu, pasti Anda temui struktur molekul dalam bentuk 3D, biasanya dipojok kanan bagian atas.
Seperti contoh yang saya berikan diatas, terlihat struktur selenic acid dalam bentuk bentuk 3D. Kalau kita amati dengan lebih teliti, dibawahnya ada tulisan JMol 3D images (blok merah), maksudnya adalah kita dapat melihat struktur tersebut dengan lebih jelas menggunakan aplikasi JMol. Aplikasi ini dapat menampilkan struktur molekul secara 3D dari file yang berekstensi .mol.Jadi jika Anda ingin mengetahui struktur molekul dalam bentuk 3D-nya, tidak ada salahnya Anda menggunakan aplikasi JMol. Aplikasi ini gratis, alias tidak berbayar. Dapat anda unduh dari situs resmi JMol. Oh ya, aplikasi ini tidak perlu diinstal, cukup Anda ekstrak, kemudian tinggal Anda klik file yang bertipe Executable Jar Files.

Ngomong-ngomong, bisa nggak ya kita membuat file dengan ekstensi .mol?

Jawabnya sangat bisa, dapat Anda lihat pada tips dan toutorial saya dalam cara mudah menggambar struktur molekul untuk JMol Viewer menggunakan Chemsketch.

jmoleee

Oh yeah…for u guys dapat mendownload aplikasi ini dari Link berikut ini : JMol

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s